菌群失调是指在应用抗生素治疗感染性疾病等过程中，宿主某部位正常菌群中各菌种间的比例发生较大幅度变化而产生的病症。长期应用广谱抗生素后，正常菌群受到抑制，耐药金黄色葡萄球菌等机会致病菌在肠道大量繁殖而引发腹泻，属于菌群失调引发的二重感染。食入霍乱弧菌污染的食物引发霍乱、破伤风梭菌侵入深部伤口引发破伤风、食入肉毒梭菌污染的食物引起食物中毒、淋病奈瑟菌通过性接触引起泌尿生殖道感染，这些都是由相应病原体直接感染引起的，不属于菌群失调导致的二重感染，所以答案选E。