小学生突然高热、头痛、呕吐、颈项强直，皮肤有瘀点，且在渗出液印片白细胞内发现革兰阴性双球菌，这些表现符合流行性脑脊髓膜炎的特征，其病原菌是脑膜炎奈瑟菌（D选项）。肺炎链球菌主要引起肺炎等疾病（A选项不符合）；大肠埃希菌主要引起肠道、泌尿道等感染（B选项不符合）；表皮葡萄球菌多为条件致病菌，引起局部感染等（C选项不符合）；草绿色链球菌主要与亚急性感染性心内膜炎等有关（E选项不符合）。