霍乱弧菌的主要致病物质是霍乱毒素，它可以作用于小肠黏膜，导致肠蠕动增强，出现腹泻、水样便等症状。A项，鞭毛是霍乱弧菌的运动器官，有助于细菌的传播和定植，但不是主要致病物质；B项，霍乱弧菌无荚膜；D项，索状因子是结核分枝杆菌的致病物质之一；E项，氧化酶是一种酶类，不是霍乱弧菌的致病物质。