先天性甲状腺功能低下是由于胎儿期或新生儿期甲状腺激素分泌不足或甲状腺发育异常引起的。新生儿TSH（促甲状腺激素）升高是先天性甲状腺功能低下的重要筛查指标，正常新生儿TSH水平在出生后会有生理性升高，但一般在20mU/L以下，该新生儿TSH36mU/L明显升高，应首先怀疑先天性甲状腺功能低下，故B项正确。原发性甲减一般指儿童及成人甲状腺自身病变导致的甲状腺功能减退，题目强调新生儿，故A项不准确。甲状腺激素抵抗综合征是由于甲状腺激素受体异常等原因导致组织对甲状腺激素不敏感，临床表现多样，TSH不一定单纯升高，故C项错误。TSH分泌肿瘤会导致TSH异常升高，但在新生儿中极为罕见，故D项错误。异位TSH综合征是指某些肿瘤组织分泌TSH样物质导致甲状腺功能亢进，与本题TSH升高提示的甲减表现不符，故E项错误。