地方性甲状腺肿的主要病因是碘缺乏。碘是合成甲状腺激素的重要元素，人体无法自行生成碘，必须通过食物摄取。在碘摄入不足的情况下，甲状腺无法合成足够的甲状腺激素，这会触发脑下垂体释放更多的促甲状腺激素（TSH），试图刺激甲状腺增加激素生产。持续的TSH刺激会导致甲状腺组织代偿性增生，最终造成甲状腺肿大，即地方性甲状腺肿。