甲胎蛋白（AFP）主要在胎儿肝脏中合成（A选项正确），胎儿出生后，其合成迅速减少，健康成人肝细胞几乎不合成AFP（D选项错误）。原发性肝癌患者血中AFP明显升高，是诊断原发性肝癌的重要指标（B选项正确）。恶性畸胎瘤患者羊水中AFP也会升高（C选项正确）。慢性活动性肝炎等患者，由于肝细胞有一定程度的损伤和再生，血中AFP可呈中等程度升高（E选项正确）。