阿米巴原虫病是由溶组织性阿米巴感染导致的疾病，亦称为阿米巴痢疾，若有肝脓肿，称为阿米巴肝脓肿。甲硝唑是首选药物，对肠内、肠外感染均有良好的疗效。另外，替硝唑、奥硝唑也可以。甲硝唑是治疗阿米巴痢疾、阿米巴肝脓肿及滴虫性阴道炎、尿道炎等疾病的首选药物，还可用于治疗贾第鞭毛虫病、酒渣鼻等。治疗阿米巴原虫引起的疾病还可以选用二氯尼特等药物。