引起深部真菌感染的真菌通常分为致病性真菌和条件致病菌，常见的致病性真菌包括申克孢子丝菌，巴西剐球孢子菌，荚膜组织孢浆菌，粗球孢子菌及引起皮肤、毛发及指（趾）甲感染的皮肤癣菌等；常见的条件致病菌包括念珠菌、隐球菌、曲霉菌、毛霉菌等，目前临床深部真菌感染多为此类真菌所致，其中新型隐球菌，可存在于人口腔中；曲霉菌在自然界分布广泛，常在机体免疫力低下时继发感染引起疾病，最常见的有烟曲霉菌、黑曲霉菌，黄曲霉菌等。毛霉菌主要菌种为丛生毛霉菌，可侵犯血管壁，引起血栓、组织坏死。在条件致病菌中最常见的为白色念珠菌。自1958年至今，两性霉素B已成为抗真菌治疗的金标准，为治疗深部真菌感染的首选药物。现在以氟康唑和伊曲康唑为代表的三代抗真菌药物是目前临床上治疗深部真菌感染的常用药物。