查询单位存款的程序如下：人民法院因审理或执行案件，人民检察院、公安机关因查处经济违法犯罪案件，需要向银行查询企事业单位、机关、团体与案件有关的银行存款或查阅有关的会计凭证、账簿等资料时，银行应积极配合。查询人必须出示本人工作证或执行公务证和出具县级（含）以上人民法院、人民检察院、公安局签发的"协助查询存款通知书"，由银行行长或其他负责人签字后并指定银行有关业务部门凭此提供情况和资料，并派专人接待。查询人不得借走原件，需要的资料可以抄录、复制或照相，并经银行盖章。对银行提供的情况和资料，应当依法保守秘密。