1．针对传染源的控制措施 各级医疗机构对诊断为疑似、临床诊断、实验室确诊的流脑病例，应按照传染病网络报告要求，做好网络直报。对诊断为疑似、临床诊检、实验室确诊的流脑患者应送传染病医院或设有传染病病房的医院隔离治疗，做到早隔离、早治疗。县级疾病预防控制机构接到流脑疫情报告后，应组织人员按照流行性脑脊髓膜炎流行病学个案凋查表要求，对流脑患者进行流行病学个案调查，查找传染来源和传播途径，追踪和掌握密切接触者，对密切接触者实施医学观察（期限为最后接触患者日起7天）防止疾病的进一步传播。
2．针对传播途径的控制措施 当地疾病预防控制机构专业人员开展和指导社区、学校等疫源地和周围环境开展湿式清洁；室内保持开窗通风、透光、清洁。加强体育锻炼，增强疾病抵抗力。养成良好的个人卫生习惯。幼托、学校、电影院、会场等应加强定期通风、换气，保持空气流通。开展健康教育。
3．针对易感人群的保护措施
(1)应急接种：发生疫情后，对暴发疫情的地区内15岁以下未接种疫苗的密切接触者和周围地区未接种疫苗的儿童可应用A群流脑多糖疫苗或A+C群流脑多糖疫苗进行应急接种。
(2)预防性服药：对确认的密切接触者可选择应用诺氟沙星、环丙沙星、头孢或氯霉素、利福平、磺胺甲基异恶唑等抗生素进行预防性服药。
(3)特别应急控制措施：如发生流脑暴发或流行时，要及时确定疫点、疫区，并按照《中华人民共和国传染病防治法》、《公共卫生事件应急处理条例》有关条款规定，根据流脑疫情暴发程度和控制流脑暴发需要，提出有关停课、停工、停业；限制或停止集市、影剧院演出或者人群聚集的活动等特别紧急措施。
(4)环境及污染物的卫生处理：流脑双球菌对外界环境抵抗力较弱，因而对病家及患者接触过的物品一般不需要药物消毒和开展终末消毒。可采用通风、洗晒或太阳下暴晒方法杀灭病原体。