近年来的资料显示：细菌性肝脓肿的主要感染途径由细菌通过胆系逆行所致。各种肝内、外胆道疾患如胆石症、胆囊炎、胰腺炎及胆系恶性肿瘤致胆总管狭窄并发生逆行性感染而引起的肝脓肿明显增多。细菌经血行（主要为门静脉）及邻近器官直接扩散（尤其是胆囊）相对少见。近年来其病原学发生了很大的变化，肺炎克雷伯菌逐渐成为优势致病菌。阿米巴性肝脓肿是阿米巴原虫侵入肠壁小静脉，经门静脉至肝，致肝内门静脉末梢支栓塞、缺血，同时产生溶组织酶导致肝细胞和血管等组织坏死而形成的非真性脓肿。