项目式组织结构的缺点：（1）容易出现配置重复、资源浪费的问题。（2）项目组织成为一个相对封闭的组织，公司的管理与决策在项目管理组织中贯彻可能遇到阻碍。（3）项目团队与公司之间的沟通基本上依靠项目经理，容易出现沟通不够和交流不充分的问题。（4）项目团队成员在项目后期没有归属感。（5）由于项目管理组织的独立性，使项目组织产生小团体观念，在人力资源与物资资源上出现“囤积”的思想，造成资源浪费；同时，各职能部门考虑其独立性，对其资源的支持会有所保留，影响项目的最好完成。