金黄色葡萄球菌广泛存在于自然界和人体皮肤表面等。当人体皮肤有化脓性感染灶时，金黄色葡萄球菌可以污染食物。它产生的肠毒素可引起食物中毒，主要症状是呕吐，这与题目中描述的主要症状为呕吐相符，并且在厨师手上查出了化脓性感染灶，符合金黄色葡萄球菌污染食物导致食物中毒的情况，所以选项 E 正确。