在免疫反应中，MHC-Ⅱ分子发挥着关键的抗原提呈作用。当外源性抗原被抗原提呈细胞摄取后，会在细胞内的溶酶体等细胞器中被加工处理，形成抗原肽。这些抗原肽与MHC-Ⅱ分子结合后，被转运至细胞表面。在细胞表面，携带抗原肽的MHC-Ⅱ分子能够被CD4+辅助性T淋巴细胞（Th）的T细胞受体（TCR）识别。这种识别是T细胞活化的重要前提条件，因为它为Th细胞提供了抗原特异性信号，促使Th细胞的增殖、分化，进而启动细胞免疫和体液免疫应答。