细菌脂多糖激活旁路途径在机体的天然免疫防御中具有极其重要的意义。在感染初期，当机体尚未产生针对细菌的特异性抗体时，细菌脂多糖就可以通过激活旁路途径来启动补体系统的防御功能。例如，C3b结合到细菌表面后，一方面可以发挥调理作用，促进吞噬细胞（如巨噬细胞）对细菌的吞噬；另一方面，后续激活的补体成分可以形成膜攻击复合物（MAC），直接破坏细菌的细胞膜，从而帮助机体抵御细菌的入侵。