酶免疫技术常用的酶是碱性磷酸酶和辣根过氧化酶。这两种酶具有活性高、稳定性好、易于标记、底物显色明显等优点。辣根过氧化物酶可催化过氧化氢，使供氢体氧化显色；碱性磷酸酶可催化底物（如对硝基苯磷酸酯）水解产生显色反应。葡萄糖氧化酶、β-半乳糖苷酶、腺酶、尿酶和转氨酶等虽然也是酶，但在酶免疫技术中不如碱性磷酸酶和辣根过氧化酶常用。