原发性胆汁性肝硬化患者血清中最可能为阳性的自身抗体是抗线粒体抗体，尤其是抗线粒体抗体M2型，对原发性胆汁性肝硬化的诊断具有重要意义。抗组蛋白抗体常见于药物性狼疮等；抗核糖核蛋白抗体（抗RNA抗体）可见于多种自身免疫病；抗Scl-70抗体主要与系统性硬化症相关；抗SS-A、SS-B抗体多见于干燥综合征。所以答案选E。