选项A：不染色暗视野下观察活菌形态，只能初步观察细菌的大致形态和运动情况，对于准确判断菌种帮助有限，不能在最短时间内初步判断菌种。选项B：革兰染色镜检可以区分细菌的革兰阳性或阴性，但对于一些形态相似的细菌，仅靠革兰染色难以准确判断菌种，不是首选方法。选项C：鲨实验一般用于检测内毒素，与判断菌种关系不大。选项D：接种SS培养基主要用于分离肠道致病菌，培养后观察菌落特征等，但需要一定的培养时间，不是在最短时间内初步判断菌种的方法。选项E：PCR检测即聚合酶链反应，通过检测细菌的特定基因片段，可以快速、准确地在最短时间内初步判断菌种，所以是首选方法。