细菌的特殊结构是指并非所有细菌都具有的结构，包括荚膜、鞭毛、菌毛、芽孢等。荚膜具有保护细菌、抗吞噬等作用；鞭毛是细菌的运动器官；菌毛可分为普通菌毛和性菌毛，普通菌毛与细菌的黏附有关，性菌毛与细菌的接合传递遗传物质有关；芽孢是细菌在不利环境下形成的休眠体，对热、干燥、化学消毒剂等有很强的抵抗力。而质粒是细菌染色体外的遗传物质，存在于细胞质中，是细菌的一种遗传结构，不属于特殊结构。所以本题选B。