菌群失调症是指机体某部位正常菌群中各菌种间的比例发生较大幅度变化而超出正常范围的状态。正常情况下，人体的正常菌群之间相互制约、相互依存，保持着动态平衡。当正常菌群的组成和数量明显改变时，这种平衡被打破，就可能导致菌群失调症。选项A正常菌群的遗传特性明显改变不是菌群失调症的常见直接原因；选项B正常菌群的增殖方式明显改变一般不会直接导致菌群失调；选项C正常菌群的耐药性明显改变可能是菌群失调的一个结果，但不是主要原因；选项D生态制剂的大量使用一般是用于调节菌群平衡，而不是导致菌群失调的原因。所以本题选E。