医院感染是指住院患者在医院内获得的感染，包括在住院期间发生的感染和在医院内获得出院后发生的感染。在医院感染的病原体中，细菌是最常见的，因为细菌种类繁多、分布广泛，适应能力强，容易在医院环境中传播和定植，并且许多细菌具有耐药性，治疗相对困难，所以在医院感染病原体中占比最大，C选项正确。衣原体、支原体、病毒和真菌虽然也能引起医院感染，但相对细菌而言，不是引起医院感染的最主要病原体类型，A、B、D、E选项错误。