A选项：质粒是细菌染色体外的遗传物质，它不是判断灭菌效果的关键指标，即使质粒未被完全破坏，细菌其他关键结构被破坏后也无法生存和繁殖。B选项：荚膜是某些细菌细胞壁外的一层黏液性物质，主要起保护细菌等作用，荚膜是否被破坏不是判断灭菌效果的主要依据。C选项：芽孢是某些细菌在一定条件下，细胞质脱水浓缩形成的多层膜状结构的休眠体，芽孢对热、干燥、化学消毒剂等有很强的抵抗力。当芽孢被杀死时，才能确保细菌被彻底杀死，所以常以芽孢是否被杀死作为判断灭菌效果的指标，该选项正确。D选项：异染颗粒是细菌细胞质内的一种颗粒，主要成分是多聚偏磷酸盐，可作为磷的储存体，与灭菌效果判断无关。E选项：菌毛是细菌表面的一种纤细的蛋白质附属物，与细菌的黏附等功能有关，不是判断灭菌效果的指标。