新生儿颈项强直、抽搐，脑脊液查到中性粒细胞内革兰阴性球菌，最有可能的病原体是脑膜炎奈瑟菌。产单核细胞李斯特菌是革兰阳性短小杆菌；大肠埃希菌是革兰阴性杆菌；无乳链球菌是革兰阳性球菌；流感嗜血杆菌是革兰阴性杆菌，虽然也可引起脑膜炎，但题干强调的是革兰阴性球菌，且脑膜炎奈瑟菌是引起新生儿化脓性脑膜炎常见的革兰阴性球菌之一。所以最有可能的病原体是脑膜炎奈瑟菌。