患者尿痛、尿频，尿道有黄绿色脓性排出物，脓性分泌物涂片镜检显示有大量多形核白细胞，其内有革兰染色阴性双球菌，这些表现符合淋病的特征，淋病是由淋病奈瑟菌引起的性传播疾病。脑膜炎球菌主要引起流行性脑脊髓膜炎，一般不会有尿道脓性分泌物的表现；杜克嗜血杆菌主要引起软下疳；溶脲脲原体主要引起泌尿生殖道感染，但形态上不是革兰阴性双球菌；性病淋巴肉芽肿衣原体主要引起性病淋巴肉芽肿，也不符合该患者的典型表现。所以该患者最可能感染的病原体是淋病奈瑟菌。