患者有尿痛、尿频，尿道有脓性分泌物，且脓性分泌物涂片镜检显示有大量多形核白细胞，其内有革兰染色阴性双球菌，符合淋病奈瑟菌感染的特征。脑膜炎球菌主要引起流脑，与该患者症状不符；杜克嗜血杆菌引起软下疳；解脲脲原体感染虽也与泌尿生殖道有关，但形态不符合；性病淋巴肉芽肿衣原体引起性病淋巴肉芽肿，也不符合该患者表现。所以该患者最可能感染的病原体是淋病奈瑟菌。