在抗生素出现以前，脓胸中发现的主要病原菌为肺炎链球菌。随着抗生素的广泛应用，不仅使脓胸的发生率和死亡率大大降低，也使病原菌谱发生了改变。近年来，从脓胸中分离出的主要病原菌为金黄色葡萄球菌和革兰阴性肠杆菌，而在儿童患者中最常见的致病菌为金黄色葡萄球菌。