大肠杆菌是UTI中最常见的致病菌，占60％～80％。初次患UTI的新生儿、所有年龄的女孩和1岁以下的男孩，主要的致病菌仍是大肠杆菌，而在1岁以上男孩主要致病菌多是变形杆菌。对于10～16岁的女孩，白色葡萄球菌亦常见；克雷伯杆菌和肠球菌多见于新生儿UTI。